Fondata nel 2003 su iniziativa del Centro di GeoTecnologie dell'Università degli Studi di Siena, del Comune di San Giovanni Valdarno e di cinque importanti aziende locali (Soci Fondatori), la Fondazione Masaccio è nata per sostenere le attività formative e di ricerca dell'Università di Siena in Valdarno e sviluppare le relazioni tra il CGT e il contesto sociale, economico e culturale locale.
Fino dalla sua istituzione, la Fondazione è stata protagonista di molte iniziative formative e culturali, ha costituito il principale punto di contatto del Centro con la realtà locale e il fulcro della sua attività di formazione professionale .
Nel tempo, ai Soci Fondatori si sono aggiunti altri Enti Locali ed altre aziende private. La Fondazione Masaccio è un esempio di “fondazione di partecipazione”, un istituto giuridico di diritto privato che riunisce le prerogative di una fondazione con quelle di un'associazione e che consente la piena collaborazione tra i settori pubblico e privato.
Attraverso l'erogazione di borse di studio e finanziamenti ha contribuito a progetti nazionali ed internazionali del Centro di GeoTecnologie.
Collabora fin dalla sua istituzione alla formazione professionale del Centro di GeoTecnologie sviluppando un'offerta formativa professionale nei settori di applicazione delle Tecnologie al Territorio (Geologia Ambientale, Sistemi Informativi Territoriali, Telerilevamento e Fotogrammetria, Idrogeologia Ambientale, Geologia tecnica e Geoingegneria, Geofisica Applicata, Geotecnologie per l’Archeologia...), promuovendo e supportando l'organizzazione di Giornate di Studio e Corsi di Formazione.
Tra il 2012 e il 2016, in collaborazione anche con l'Istituto di Formazione e Ricerca della Federazione Italiana Club e Centri UNESCO, ha organizzato i Master in "Tecnolgie Open Source per i Beni Culturali", "Geofisica Applicata", "Geomatica" e "Riqualificazione Energetica degli Edifici".